| 2008年6月 | 一般貨物自動車運送業の許可を受ける |
| 2008年6月 | 永山運送株式会社神奈川・甲府営業所業務を全面受託し開業 （株）ファミリーマート・ファミリーコーポレーション（株）に係る全従業員が永山運送（株）より（株）ナガヤマ物流に転籍 神奈川・甲府営業所共にISO9001・2000を継続認証取得 |
| 2008年9月 | ファミリーコーポレーション（株）と永山運送（株）の兼務契約の譲渡を受け（株）ナガヤマ物流が業務契約を承継する |
| 2009年8月 | 山梨県甲府市より東京都府中市に本社を移転 |
| 2009年11月 | 山梨営業所開設 |
| 2010年3月 | 川崎市高津区北見方より横浜市鶴見区矢向に神奈川営業所を移転、名称を「横浜営業所」に改称 |
| 2012年12月 | ナガヤマ物流甲府営業所として、安全性優良事業所認定を受ける（Ｇマーク取得） |
| 2013年5月 | 山梨営業所閉鎖 |
| 2013年12月 | ナガヤマ物流横浜営業所として、安全性優良事業所認定を受ける（Ｇマーク取得） |
| 2014年9月 | 安曇野営業所開設 |
| 2016年4月 | 八王子営業所開設 |
| 2017年4月 | 座間営業所開設 |
| 2017年4月 | 横浜・甲府・安曇野営業所・本社共にＩＳＯ9001・2015を継続認証取得 |
| 2017年12月 | ナガヤマ物流安曇野営業所として、安全優良事業所認定を受ける（Ｇマーク取得） |
| 2020年12月 | ナガヤマ物流八王子営業所として、安全優良事業所認定を受ける（Gマーク取得） |